一、叶子的区别
山茱萸的叶子呈对生排列，质地为纸质。其叶片形状通常为卵状披针形或卵状椭圆形，长度在5.5到10厘米之间，宽度为2.5到4.5厘米。叶子的顶端逐渐变尖，而基部则呈宽楔形或接近圆形。此外，山茱萸的叶子全缘，表面为绿色，反面则为浅绿色。
相较之下，吴茱萸的叶片则有5到11小片，常见的小叶较薄或是呈厚纸质，其形状为卵形、椭圆形或披针形，长度介于6到18厘米之间，宽度在3到7厘米。吴茱萸的叶片全缘或者接近浅波浪状，并且小叶的两面及叶轴上常有绒毛生长。
二、花朵的区别
山茱萸的花朵呈伞形花序，通常生长在枝的侧面，花瓣数量为4枚，形状为舌状披针形，长度约为3.3毫米，颜色为黄色。
而吴茱萸的花序则是顶生的，花朵的萼片和花瓣各有5枚，花瓣长度在3到5毫米之间，且花瓣的腹面上长有绒毛。
三、果实的区别
山茱萸的果实为椭圆形核果，颜色通常为红色或紫红色，果实长度在1.2到1.7厘米之间，直径为5到7毫米。
与之相对，吴茱萸的果实序为宽3到12厘米，成熟时颜色呈暗紫红色，果实表面则有油点。
