叶子区别
山茱萸的叶子对生,呈纸质,形状为卵状披针形或卵状椭圆形,长5.5到10厘米,宽2.5到4.5厘米,叶子的先端逐渐变尖,基部呈宽楔形或接近圆形,叶子全缘,上面绿色,下面浅绿色。
吴茱萸的叶子有5到11小片,小叶薄或呈厚纸质,形状为卵形、椭圆形或披针形,长6到18厘米,宽3到7厘米,叶子全缘或接近浅波浪状,小叶的两面以及叶轴上长有绒毛。
花朵区别
山茱萸的伞形花序生长在枝侧,花瓣有4枚,呈舌状披针形,长3.3毫米,颜色为黄色。
吴茱萸的花序顶生,花朵的萼片和花瓣都是5枚,花瓣长3到5毫米,花瓣的腹面长有绒毛。
果实区别
山茱萸的核果呈长椭圆形,颜色为红色或紫红色,长1.2到1.7厘米,直径5到7毫米。

吴茱萸的果序宽3到12厘米,果实成熟时为暗紫红色,并带有油点。